وبَعد ست سنوات تولى الظاهر بیبرس أمر البناء ، ورجع المسجد کما کان قَبل الحریق .

وفی سنة 886 ﻫ انقضّت صاعقة على المسجد فهدمته ، ولَم تبقِ منه سوى الحجرة النبویة وقبة بصحن المسجد .

فأعاد بناءه الملک الأشرف على صورة أحسن ممّا کان علیه قَبل الحریق .

وفی القرن العاشر الهجری رممه السلطان سلیم العثمانی ، وشید فیه محراباً لا یزال قائماً إلى الیوم ، ویقع غربی المنبر النبوی .

وفی القرن الثالث الهجری بنى فیه السلطان محمود العثمانی القبة الخضراء . وفی أواخر هذا القرن احتاج المسجد إلى العمارة ، فأمر السلطان العثمانی بذلک ، وکان المهندسون یهدمون جزءاً مِن المسجد ویقیمون ما یحلّ محله ، ثمّ یهدمون بعده جزءاً آخر ویقیمون مکانه ، حتى تمّت عمارته سنة 1277 ﻫ .

وصلِّ اللهم على محمد وأهله الطاهرین ، وعرِّف بیننا وبینهم ، وارزقنا شفاعتهم یوم نلقاک ، یا مبدل السیئات بأضعافها مِن الحسنات... إنّک ذو الفضل العظیم .